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Il Museo di storia naturale di Merate è stato inizialmente concepito come supporto didattico per le scuole del territorio. Il criterio seguito nella costruzione dei percorsi di visita è quello descrittivo. Ogni espositore è corredato da pannelli esplicativi che aiutano il visitatore nell'individuazione delle caratteristiche del materiale esposto.
Ogni reperto naturalistico o storico consente e richiede le più diverse forme di approccio, di lettura e di interpretazione permettendo un utilizzo anche ludico del contesto e dei materiali presenti. Stimolare la curiosità intellettuale e allo stesso offrire un apprendimento non nozionistico è la missione del Museo.

Il Museo propone visite guidate e laboratori a gruppi di scolaresche, che concordano la tematica degli incontri con gli insegnanti. Ogni anno vengono presentate alle scuole di Merate le proposte didattiche legate sia al patrimonio scientifico-naturalistico del territorio, sia alle collezioni più significative esposte nelle teche.

L'attività didattica museale viene periodicamente garantita da esperti di scienze naturali che progettano programmi, percorsi didattici e attività laboratoriali, rivolte soprattutto a gruppi di bambini, e gestiscono servizi di accoglienza e assistenza dei visitatori durante l'intero percorso di visita. I laboratori scientifico-didattici sono impostati al fine di rendere più accessibili e comprensibili le collezioni, le raccolte e, in generale, ogni tipo di esposizione culturale.
Tutti i laboratori sono su prenotazione e a ingresso gratuito. E' disponibile alla consultazione il patrimonio librario antico che conta circa 400 volumi.

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